全自動酶標儀如今廣泛用在臨床檢驗、生物學研究、農業科學、食品和環境科學中，特別在近幾年中，由于大量的酶聯免疫檢測試劑盒的應用，使得它在生殖保健領域中應用越來越廣泛，同時促進了生殖健康技術水平提高。
全自動酶標儀的光源燈發出的光波經過濾光片或單色器變成一束單色光，進入塑料微孔極中的待測標本。該單色光一部分被標本吸收，另一部分則透過標本照射到光電檢測器上，光電檢測器將這一待測標本不同而強弱不同的光信號轉換成相應的電信號。電信號經前置放大，對數放大，模數轉換等信號處理后送入微處理器進行數據處理和計算，由顯示器和打印機顯示結果。
微處理機還通過控制電路控制機械驅動機構X和Y方向的運動來移動微孔板，從而實現自動進樣檢測過程。而另一些自動酶標儀則是采用手工移動微孔板進行檢測，因此省去了X、Y方向的機械驅動機構和控制電路，從而使儀器更小巧，結構也更簡單。
一般來說，全自動酶標儀使用時分為半自動和全自動兩種，不過這兩者的工作原理基本上是一致的，核心都是比色計，也就是用比色法來進行分析。
全自動酶標儀的測定波長研究：
一般酶標儀的測定波長在400-750nm或800nm之間，則可以滿足ELISA的顯色測定。目前國內常見的ELISA試劑盒所使用的標記用酶均為辣根過氧化物酶（HRP），底物通常為四甲基聯苯胺（TMB）和鄰苯二胺（OPD），其在過氧化氫溶液的存在下，經HRP作用，分別氧化為2，2，-二氨基偶氮苯（DAB）和聯苯醌。當pH值為5.0左右時，DAB在450nm波長處有大吸收，當pH值降為L 0時，大吸收波長移至492 nm，同時摩爾消光系數變大，顯色加深，因而常用強酸如硫酸或鹽酸終止反應。TMB的氧化產物聯苯醌在波長450nm處有大消光系數，如果HRP量少，H:O:和TMB過量時，則形成藍色的陽離子根。降低pH，即可使藍色的陽離子根轉變為黃色的聯苯醌，使用硫酸作為終止劑可使產物穩定90min.因此，450nm和492 nm兩個波長是目前ELISA測定常用的。
各種酶標儀都配有放置濾光片的可自動轉換的部件，可以同時安裝6-8片濾光片，所配備的濾光片均應包括上述兩個波長，有的酶標儀以490nm濾光片替代492nm濾光片，影響不大。除了這兩個基本濾光片外，考慮到雙波長比色的需要，還應有620nm或630nm或650nm和405nm波長的濾光片，其他濾光片可根據實際需要選擇。有時實驗室希望用酶標儀作微量生化測定，故酶標儀廠家對其生產時擴展了紫外檢測功能，此時需要一個340nm波長濾光片。此時，酶標儀的測定波長范圍就成為340-750nm或800nm。
